Las dependencias de la abadía siguen las directrices de la orden cisterciense.  La portada principal de acceso al monasterio se abre abocinada en arcos apuntados de bocel, arcos de medio punto y dientes de sierra que apoyan sobre capiteles vegetales. Un gran rosetón culmina la fachada, se organiza en doce arquillos lobulados que llevan sus columnas a la centralidad circular.

La iglesia del monasterio es de grandes dimensiones, planta de cruz latina y tres naves distribuidas en cinco tramos. La cabecera principal cierra en ábside semicircular y otras cuatro capillas colaterales en testero plano; en ellas se conservan restos de policromía mural del s. XVI y una talla en madera de la Virgen con el niño fechada en los inicios del s. XIII. El retablo mayor es obra del s. XVIII del escultor Félix Malo, y las bóvedas que cierran las naves son apuntadas y estrelladas con claves decoradas con motivos heráldicos.

Cuenta el monasterio con dos claustros.

El claustro gótico o de los Caballeros se construyó al norte de la iglesia; sus cuatro pandas se cubren con bóvedas de crucería abiertas al patio central mediante arcos apuntados y de medio punto. El claustro alto se construyó entre los años 1531 y 1547 por el taller de Alonso de Covarrubias en un refinado estilo plateresco con arcos rebajados y balaustres cegados decorados con medallones en alto relieve.

El claustro herreriano es sobrio y monumental con arquerías de medio punto enmarcadas por pilastras adosadas; se organiza en dos plantas con simetría en los vanos y bóveda de lunetos.

Una de las estancias más espectaculares del monasterio es el Refectorio de Monjes.  Tiene acceso desde el claustro gótico a través de una magnífica portada abocinada y apuntada en arquivoltas aboceladas y con dientes de sierra que apoyan en estilizados capiteles vegetales; sobre ella un gran rosetón . Es un espacio muy amplio, diáfano, luminoso, ponderado y magnífico, cubierto con bóvedas de crucería y vanos calados en los muros. En el muro oriental se embutió una escalera para acceder al púlpito desde el que el monje lector repasaba los pasajes religiosos durante las comidas. Es una estructura ciertamente singular con arcos apuntados en los extremos y de cuarto de punto en las zona central. El púlpito se adosa al muro y decora con estilizaciones vegetales.

Al lado y comunicada con una pequeña ventanita, la Cocina gotizante  donde el hogar está abierto en una potente chimenea.

El Refectorio de Conversos es un espacio de de menores dimensiones y aspecto más cercano al Románico. Una pequeña portada en arco de medio punto doblado da acceso a una sala donde cinco columnas centrales con capiteles vegetales esquemáticos, reciben los empujes de las bóvedas de crucería apoyadas en ménsulas de rollos en los muros.

La Cilla era almacén de bienes y alimentos del monasterio organizando espacios por arcos de medio punto que arrancan del suelo y soportan una techumbre de madera.