La puerta de la fachada está enmarcada en un arco de medio punto, con el intradós encasetonado entre columnas corintias. Las columnas tienen las partes superiores del fuste estriado mientras que las partes inferiores se encuentran decoradas con alegóricos relieves relativos a escenas de ciencia.

Encima del arco se abre una hornacina cobijando la escultura de Santa Catalina, flanqueada por sendos escudos del prelado donante y unas costillas, significando que la obra se había realizado «a su costa».

Rompiendo la cornisa superior se alza el escudo imperial de Felipe II, puesto que el monarca acogió al Colegio Universidad bajo su real patronazgo.

El interior de la Universidad consta de un patio central de planta cuadrada rodeado de doble arcada apoyada en columnas de fustes lisos, siendo la arcada del piso inferior de arcos de medio punto y la del superior de arcos carpaneles. En el patio aparecen escudos del patrono y sugerentes gárgolas.