El actual convento de la Concepción de Ágreda comenzó a construirse en 1627 debido a la falta de espacio del anterior y cuando Sor María de Jesús fue elegida abadesa con tan solo 25 años. Se trata de un templo barroco de planta de cruz latina de una sola nave. Un retablo del s. XVII dedicado a La Inmaculada, preside al Altar Mayor. A un lado de la iglesia el retablo de San Francisco, donde a sus pies se encuentra el féretro (sellado y acristalado) con el cuerpo incorrupto de Sor María.

También es posible visitar un pequeño Museo dedicado a la vida y obra de la Venerable. Recoge objetos de ella; como su correspondencia con Felipe IV, algunas obras que escribió, unos retratos reales de la escuela de Velázquez y un aguamanil de plata, todos ellos regalos del rey.